故事将讲述发生在第3部的两年后，仙崎大辅（伊藤英明饰）与其后辈吉冈（佐藤隆太饰）从1万3千名海上保安员中脱颖而出，入选只有36个名额的特殊救援队，开始活跃在海难救援最前线。在任职期间，一起重大海难事故发生了——一架Jumbo客机因引擎事故急速坠入东京湾水域。特殊救援队面临史上最艰难的挑战，开始了对346名乘客及乘务人员的救助……

全片以一架装满346名乘客的超大客机为舞台，讲述了这架客机的发动机突然起火，以仙崎大辅（伊藤英明饰）为首的海上救援队，打破重重困难，竭尽全力进行海空营救的冒险故事。