故事发生在《魔法少女奈叶StrikerS》4年后的世界，那时奈叶和菲特都已经23岁了，本故事的女主角——可爱、已经十岁，上四年级的薇薇欧。

　　“暗之书”事件新的十年后 　　一支全新的精英部队在时空管理局中诞生了 　　——太古遗产管理部 机动六科 　　担任指挥官的十三位传说的精英 　　奈叶、菲特、疾风 　　她们所带领的是四位年轻的魔导师 　　危险的太古遗产——“圣遗晶石” 　　围绕着太古遗产出没的神秘兵器——“协鸣者” 　　以及隐藏在阴谋背后的黑影…… 　　魔法少女们即将面对再一次的考验