在于第八张职阶卡里寄宿的英灵战斗之后，和平的日子并未到来。突然在圆藏山掀起的异变，将依莉雅卷入与迷之人偶的交战之中。交战过后，时空发生动荡，依莉雅醒来就发现自己身处在平行世界——也是美游出生，成长的世界。为了守护自己重要的事物，魔法少女们壮大的战斗就此展开。